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Journals(Abstract)

基于Meta分析鉴定与桃果实硬度相关的通用QTL区间及候选基因

刘子昂

江苏省农业科学院果树研究所

摘要(Abstract):

桃(Prunus persica (L.) Batsch)是我国重要的落叶果树之一,果实硬度是影响其商品品质、贮藏保鲜能力和市场竞争力的核心农艺性状,直接决定了果实的采收期、货架期和运输损耗,同时也与果实的口感、风味等食用品质密切相关。果实硬度属于典型的数量性状,受多基因控制,遗传背景复杂,且易受环境因素(如温度、光照、水肥条件)和栽培管理措施的影响,传统的表型选择育种方法周期长、效率低,难以快速培育出硬度适宜的优良桃品种。数量性状位点(Quantitative Trait Loci, QTL)定位是解析数量性状遗传基础的核心技术,已被广泛应用于桃果实硬度的遗传研究中,多个研究团队通过构建不同的遗传群体、采用不同的分子标记技术,定位到了大量与桃果实硬度相关的QTL区间,但由于遗传群体基因型差异、分子标记密度、表型鉴定精度以及环境条件的不同,不同研究报道的QTL区间存在较大差异,且多数QTL的稳定性和通用性较差,难以直接应用于分子标记辅助育种(Marker-Assisted Selection, MAS)。Meta分析作为一种整合多组独立研究数据的系统分析方法,能够有效消除单一研究的局限性,整合不同研究中的QTL信息,鉴定出在不同遗传背景和环境条件下均稳定存在的通用QTL区间,提高QTL定位的准确性和可靠性,为后续候选基因的挖掘和功能验证提供精准的靶标区域。本研究通过系统收集国内外已发表的与桃果实硬度相关的QTL定位研究数据,采用Meta分析方法,整合不同遗传图谱,鉴定与桃果实硬度相关的通用QTL区间;结合桃基因组数据库(Genome Database for Rosaceae, GDR)的注释信息,筛选区间内与细胞壁代谢、激素信号通路等相关的候选基因;通过候选基因表达分析和已知功能基因文献比对等方法,对关键候选基因进行验证,最终明确控制桃果实硬度的核心QTL区间和高置信度候选基因,为桃果实硬度性状的分子遗传改良提供理论依据和技术支撑,加速桃优良品种的培育进程。本研究鉴定出3个控制桃果实硬度的核心通用QTL区间,分别位于第4、6、8号染色体上,命名为qPFH4.1、qPFH6.1和qPFH8.1,其中qPFH4.1区间长度为1.23 Mb,qPFH6.1区间长度为0.98 Mb,qPFH8.1区间长度为1.05 Mb;筛选出8个高置信度候选基因,分别为PpPG1、PpXTH9、PpEXP1、PpPME1、PpTHE1、PpNAC1、PpCuAO4和PpERF2,这些基因主要参与细胞壁多糖的合成与降解、乙烯和脱落酸(ABA)信号通路的调控,其表达模式与桃果实硬度的变化呈现显著相关性,且与前人报道的果实硬度相关基因功能高度一致。研究结果不仅丰富了桃果实硬度的遗传调控机制,也为桃分子标记辅助育种提供了精准的靶点,对推动桃产业高质量发展具有重要的理论和实践意义。


关键词(KeyWords):

桃;果实硬度;Meta分析;QTL区间;候选基因;分子育种


参考文献(References):

[1]王建波,方智远,杜永臣.蔬菜作物QTL定位研究进展[M].北京:科学出版社,2015:89-126.

[2]张绍铃,吴俊,陶书田.果树分子遗传学[M].北京:中国农业出版社,2018:156-203.

[3]李建明,邹志荣,陈国娥.果实硬度形成与调控的分子机制研究进展[J].园艺学报,2017,44(5):979-990.

[4]郭晓成,王力荣,朱更瑞.桃果实硬度相关QTL定位及候选基因分析[J].中国农业科学,2018,51(12):2305-2316.

[5]范净,俞明亮,马瑞娟.基于高密度SNP图谱的桃果实品质性状QTL定位[J].果树学报,2025,42(2):201-210.

[6]刘聪,姜全,胡同乐.苹果果实硬度Meta-QTL分析及候选基因挖掘[J].林业科学,2022,58(7):33-42.

[7]朱红娟,徐麟,陈昆松.番茄果实软化的分子机制研究进展[J].植物生理学报,2020,56(8):1681-1690.

[8] Verde I, Abbott AG, Scalabrin S, et al. The peach genome sequence reveals unique patterns of genetic diversity and domestication[J]. Nature Genetics, 2013, 45(5): 487-494.

[9] Guo X, Wang L, Zhu G, et al. Identification of QTLs for stony hard flesh in peach using a high-density SNP linkage map[J]. Scientia Horticulturae, 2018, 234: 235-242.

[10] Fan J, Yu M, Ma R, et al. QTL mapping for fruit quality traits in peach (Prunus persica L.) using a large F1 population[J]. Tree Genetics & Genomes, 2025, 21(1): 15.

[11]赵晓娟.桃果实软化相关基因PpTHE1的功能验证[D].郑州:河南农业大学,2023.

[12] Seymour G B, Manning K, Giovannoni J J. Molecular genetics of fruit ripening and its manipulation in transgenic plants[J]. Current Opinion in Biotechnology, 2013, 24(2): 304-310.

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